Συγκοινωνιακές μελέτες
Ο Β. Προφυλλίδης υπήρξε Επιστημονικός Υπεύθυνος των παρακάτω Ερευνητικών Προγραμμάτων και Μελετών:
  1. Μελέτη Ζήτησης και Σκοπιμότητας για τη Δυτική Επέκταση του Μετρό Θεσσαλονίκης, Αττικό Μετρό,2017-19
  2. Σχεδιασμός Eπιδομής και Επεκτάσεων Μετρό Θεσσαλονίκης, ΟΜΕΚ – Αττικό Μετρό, 2013 – 2017
  3. Συνδυασμένες Μεταφορές – Δίκτυα και Ρυθμιστικό Σχέδιο Αττικής 2020, Οργανισμός Ρυθμιστικού Σχεδίου και Προστασίας Περιβάλλοντος, Αθήνα, 2010-2012
  4. Μελέτη Σκοπιμότητας Κάθετου Οδικού Άξονα Ε 61 Σέρρες-Καβάλα, Εγνατία Οδός Α.Ε. (σε συνεργασία με την εταιρεία DELCO), 2009 – 2010
  5. Vision Stratégique des Chemins de Fer Européens vers 2025, Union Internationale des Chemins de Fer (UIC), Paris, 2007-2008,
  6. Μελέτη Σχεδιασμού Επενδύσεων για Συγκοινωνιακές Υποδομές της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης ενόψει του Δ’ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης, Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, 2006-2008,
  7. Εσωτερικές Τιμολογήσεις και Λογιστικός Διαχωρισμός των λειτουργιών του ΟΣΕ (σε συνεργασία με την εταιρεία Ernst & Young), Οργανισμός Σιδηροδρόμων Ελλάδος, 2004-2005,
  8. Προμελέτη Χάραξης Σιδηροδρομικής Σύνδεσης ΒΙ.ΠΕ. Κομοτηνής (σε συνεργασία με την εταιρεία METE-ΣΥΣΜ A.E.), ΕΡΓΟΣΕ, 2004-2005,
  9. Έρευνα Αγοράς. Τιμολογιακή και Εμπορική Πολιτική. Βελτίωση Ανταγωνιστικότητας για τους Υπεραστικούς Επιβατικούς Συρμούς (Intercity και Ταχείες) του ΟΣΕ στους Άξονες Αθήνα – Θεσσαλονίκη και Αθήνα – Πάτρα, Οργανισμός Σιδηροδρόμων Ελλάδος, 2002-2003,
  10. Μελέτη Επιδομής Προαστιακού Σιδηροδρόμου Αθηνών. (118 σελ.), DE-Consult – ΕΡΓΟΣΕ, 2001-2002,
  11. Καθορισμός Τεχνικών Χαρακτηριστικών. Διαστασιολόγηση Διατομών. Εκπόνηση Πλήρους Μελέτης Γραμμολογίας. Σύνταξη Τεχνικών Προδιαγραφών και Τευχών Δημοπράτησης για την Κατασκευή της Επιδομής της Νέας Σιδηροδρομικής Γραμμής Υψηλών Ταχυτήτων Αθηνών – Κορίνθου, ΕΡΓΟΣΕ, 2001-2002,
  12. Μελέτη Σκοπιμότητας Κατασκευής Νέου Αερολιμένα Ηγουμενίτσας, Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, 2001-2002,
  13. Καταγραφή, Διαστασιολόγηση Διατομών. Διάγνωση και Αξιολόγηση της Σιδηροδρομικής Υποδομής και Οργάνωση της Συντήρηση για τις Γραμμές του ΟΣΕ με στόχο την Αύξηση του Βαθμού Αξιοπιστίας και Ασφάλειας των Σιδηροδρομικών Μεταφορών (331 σελ.), Οργανισμός Σιδηροδρόμων Ελλάδος, 2000
  14. Γενικό Σχέδιο Ανάπτυξης (Master Plan) Αερολιμένων Καρπάθου, Κάσου και Καστελόριζου, (609 σελ.), Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, 1999
  15. Γενικό Σχέδιο Ανάπτυξης (Master Plan) Κρατικού Αερολιμένα Ρόδου, (1.164 σελ.), Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, 1997-1998,
  16. Τεχνικο-Οικονομική Διερεύνηση Σκοπιμότητας για την Κυκλοφορία Οχημάτων με Ανακλινόμενο Αμάξωμα στο Ελληνικό Σιδηροδρομικό Δίκτυο, (571 σελ.), Οργανισμός Σιδηροδρόμων Ελλάδος, 1997
  17. Προοπτικές Ανάπτυξης και Απαιτούμενος Εκσυγχρονισμός της Σιδηροδρομικής Γραμμής Θεσσαλονίκης – Αλεξανδρούπολης (663 σελ.), Οργανισμός Σιδηροδρόμων Ελλάδος, 1996
  18. Έρευνα Χαρακτηριστικών Μεταφορικού Έργου και Υποβολή Προτάσεων Διαμόρφωσης Εμπορικής και Τιμολογιακής Πολιτικής για τους Συρμούς Intercity του ΟΣΕ, (550 σελ.), Οργανισμός Σιδηροδρόμων Ελλάδος, 1996
  19. Διερεύνηση Σκοπιμότητας Εκσυγχρονισμού της Σιδηροδρομικής Γραμμής Αλεξανδρούπολης – Ορμενίου, (411 σελ.), Οργανισμός Σιδηροδρόμων Ελλάδος, 1995
  20. Οικονομοτεχνική Μελέτη Έργων Ανάπτυξης Οργανισμού Λιμένος Θεσσαλονίκης, (161 σελ.), Οργανισμός Λιμένος Θεσσαλονίκης, 1995
  21. Αμαξοστάσιο Μετρό Θεσσαλονίκης, Τεύχος ΧΙΙ Προμελέτης Μετρό Θεσσαλονίκης, (Β. Προφυλλίδης, Ι. Μαγκανάρης, κ.α.), Υ.ΠΕ.ΧΩ.ΔΕ., 1991
  22. Κυκλοφοριακή Μελέτη Δήμου Σερρών, Δήμος Σερρών, 1990
  23. Επιδομή Γραμμής-Γραμμή Παροχής Έλξης Μετρό Θεσσαλονίκης, (Β. Προφυλλίδης, Κ. Δημητριάδης) Τεύχος VII Προμελέτης Μετρό Θεσσαλονίκης (Μέρος ΙΙ), Δήμος Θεσσαλονίκης, 1990
  24. Προκαταρκτική Μελέτη Δικτύου Ποδηλατοδρόμων στην πόλη της Θεσσαλονίκης, (Β. Προφυλλίδης, A. Μπαντέλας), Δήμος Θεσσαλονίκης, 1990
  25. Μεθοδολογία Κατασκευής Μετρό Θεσσαλονίκης, (Γ. Πενέλης, Β. Προφυλλίδης), Τεύχος ΙΙΙ Προμελέτης Μετρό Θεσσαλονίκης (Μέρος ΙΙ), Δήμος Θεσσαλονίκης, 1990
  26. Χάραξη Μετρό Θεσσαλονίκης, Τεύχος Ι Μέρος ΙΙ Προμελέτης Μετρό Θεσσαλονίκης, Δήμος Θεσσαλονίκης, 1990
  27. Κυκλοφοριακή Μελέτη Δήμου Πολίχνης, Δήμος Πολίχνης Θεσσαλονίκης, 1989
  28. Λειτουργικά Χαρακτηριστικά και Εκμετάλλευση του Μετρό Θεσσαλονίκης. Τεύχος Χ Προμελέτης Μετρό Θεσσαλονίκης (Μέρος ΙΙ), Δήμος Θεσσαλονίκης, 1989
  29. Προκαταρκτική Μελέτη Υπόγειου Τετραόροφου Σταθμού Αυτοκινήτων στην Πλατεία Διοικητηρίου Θεσσαλονίκης, Δήμος Θεσσαλονίκης, 1988